Tháng 05/1997, FPT Hà Nội có khoảng 170 nhân viên trong độ tuổi đoàn viên, chiếm 2/3 số CBNV trong công ty. Điều này khiến TGĐ Trương Gia Bình phải suy nghĩ về một tổ chức chính thống cho giới trẻ FPT.
Ngày 06/05/1997, Chi đoàn TNCS Hồ Chí Minh FPT được thành lập theo Quyết định số 7 QĐ/TN-KCM của BCH Đoàn TNCS Hồ Chí Minh Bộ KH - CN và MT.
Ngày 16/05/1997, tại trụ sở FPT 89 Láng Hạ, Chi đoàn FPT tổ chức Đại hội lần thứ nhất với sự tham gia của 71 đoàn viên đại diện cho 113 đoàn viên trong FPT. Đồng chí Bùi Trí Hùng được bầu là Bí thư Đoàn Thanh niên đầu tiên của FPT.
Một năm sau, ngày 13/05/1998, Đại hội chi Đoàn công ty FPT, nhiệm kỳ 1998-1999 được tổ chức tại Hội trường Tổng công ty Thép. Đại hội đã bầu ra BCH mới bao gồm 7 đồng chí và anh Nguyễn Duy Hưng được bầu làm Bí thư Đoàn Thanh niên FPT.
Ngày 15/07/1998, Chi đoàn Đoàn TNCS Hồ Chí Minh của Chi nhánh FPT HCM được thành lập do anh Nguyễn Thái Sơn là Bí thư chi đoàn.
Ngày 29/05/1999, Đại hội Chi đoàn FPT lần thứ 3, nhiệm kỳ 1999 – 2000, được tổ chức tại Hội trường Tổng công ty Thép. Đại hội đã bầu ra BCH mới bao gồm 13 đồng chí và anh Nguyễn Duy Hưng tái đắc cử Bí thư Chi đoàn FPT.
Ngày 04/04/2000, Đoàn Thanh niên FPT chính thức nhận được quyết định thành lập Đoàn cơ sở Công ty FPT trực thuộc Đoàn TNCS Hồ Chí Minh Bộ Khoa học Công nghệ và Môi trường. Theo quyết định này, BCH Đoàn cơ sở Công ty FPT có con dấu và đoàn cấp cơ sở và có các chi đoàn trực thuộc.
Một vinh dự lớn cho Chi đoàn FPT là anh Hoàng Việt Anh được bầu vào BCH Trung ương đoàn TNCS Hồ Chí Minh nhiệm kỳ 2004-2006. Hoàng Việt Anh được phân công phụ trách khối khoa học kỹ thuật và là đại diện cho giới khoa học được cơ cấu trong BCH Trung ương Đoàn TNCS Hồ Chí Minh.
Bí thư chi đoàn Nguyễn Duy Hưng tại vị được gần 5 năm. Tháng 09/2003 anh chuyển sang làm Phó Giám đốc Trung tâm phân phối điện thoại Nokia (F9) của công ty Phân phối FPT (FDC) và chuyển giao sự nghiệp lãnh đạo hoạt động phong trào FPT cho Nhạc sĩ Trương Quý Hải.
Bảo tàng FPT
